Sağlık mazereti mecburi hizmet yapmayı engelleyen bir mazeret olmayıp hastalığın niteliğine göre atama yapılacak yerin belirlenmesinde önem taşıyabilir. Sağlık mazereti bulunanlar kura öncesinde durumu Sağlık Bakanlığı’na belgesi ile birlikte ilettiklerinde bu durum atama kurasında değerlendirmeye alınır.

Ayrıca kurası çekilip ataması yapılanların hastalanmaları halinde atandıkları yere gitmemelerinin gerekçesi olarak hakem hastanelerden alınan sağlık raporunu gösterebilmeleri koşuluyla ilgili yerde göreve başlamak rapor süresinin sonuna kadar ertelenir. Bir başka ifadeyle, ataması yapılan bir mecburi hizmet yükümlüsü atama kararının kendisine tebliğinden önce hastalanması ve istirahat rapor verilmesi halinde atama kararının tebliği rapor sonrasına ertelenebileceği gibi bu arada tebliğ edilmiş olsa da hükmünü rapor süresinin bitiminden doğurmaya başlar. Ancak önemle belirtmek gerekir ki, atama öncesi ya da atandıktan sonra raporlu olarak geçirilen süreler mecburi hizmet sürelerinin hesabında dikkate alınmayacaktır.